預付款保函和預收款退款保函的區別：預付款保函時施工方開給業主的，業務見函付預付款，施工方則要按照施工合同施工，若施工方違約，開函行將會將保函金額對應金額賠付給業務。預收款退款保函顧名思義方向相反，是業務開給施工方的，目前這種用到的比較少。
預付款保函風險有三個風險：
1、很可能出現預付款已大部分償還，而保函額不減的局面，業主隨時可能全額沒收保函，而承包商卻不擁有全額預付款(因為很可能在業主沒收保函時，承包商已經償還了部分預付款
2、保函的生效時間先于承包商收到的預付款，承包商在不知情的前提下，業主已經沒收預付款保函而承包商未收到預付款。
3、預付款已經扣還完畢，而預付款保函沒有及時撤銷，讓業主有機可乘，留下沒收保函之機。
比較兩種方案，第二種方案不占用授信額度，辦理速度一周左右，自己走銀行授信一個月左右，多數企業無法獲得銀行授信。另外，用授信辦理銀行保函，銀行給的格式多為一般責任，且不能修改銀行保函格式。用擔保公司辦理銀行保函，格式可以修改，另外做投標類銀行保函，費率低，速度快，適用于多家公司投標，更有優勢。
而申請人是否違約，是要根據基礎合同的規定以及實際履行情況來作出判斷的，但這種判斷顯然不是件簡單的事，經常要經過仲裁或訴訟才能解決其中的是非曲直。所以當從屬性保函項下發生索賠時，擔保人要根據基礎合同的條款以及實際履行情況來確定是否予以支付。各國國內交易使用的保函基本上是從屬性質的保函。
