保函依據商務合同開出，但又不依附于商務合同，具有獨立法律效力。當受益人在保函項下合理索賠時，擔保行就必須承擔付款責任，而不論委托人是否同意付款，也不管合同履行的實際事實。即保函是獨立的承諾并且基本上是單證化的交易業務。
預付款保函
又稱還款擔保，是指向工程業主（受益人）保證，如申請人未能履約或未能全部按合同規定使用預付款時，則銀行負責返還擔保函規定金額（或未還部分）的預付款。預付款擔保的擔保金額不應超過承包人收到的工程預付款總額。
辦理銀行保函有兩種方案。
種是企業自己在有銀行授信額度，直接到銀行辦理即可，用企業授信辦理銀行保函會占用信用額度，用授信來辦理銀行保函，在擔保期限到了之后才能恢復額度。占用一千萬授信額度，相當于占用一千萬現金，另外銀行收費一般在0.8%，這個方式的優點就是花錢少，缺點是得交全額保證金到銀行凍結，直到項目結束后，才能解凍。
比較兩種方案，第二種方案不占用授信額度，辦理速度一周左右，自己走銀行授信一個月左右，多數企業無法獲得銀行授信。另外，用授信辦理銀行保函，銀行給的格式多為一般責任，且不能修改銀行保函格式。用擔保公司辦理銀行保函，格式可以修改，另外做投標類銀行保函，費率低，速度快，適用于多家公司投標，更有優勢。
