稅務代理的一般程序按其性質大體可分為三個階段：即準備階段、實施階段、代理完成階段。
準備階段是納稅人、扣繳義務人向稅務代理機構提出稅務代理時，稅務代理機構要對要求代理方的有關情況進行調查，在此基礎上確定是否接受該項代理業(yè)務。雙方在充分協(xié)商取得一致意見后，簽定委托代理協(xié)議書，約定代理內容、代理權限和代理期限。稅務代理機構在受理某項代理業(yè)務后，應確定稅務代理風險，編制稅務代理計劃、安排實施代理工作。
實施階段是稅務代理全過程的中心環(huán)節(jié)，其工作是按照代理計劃，根據(jù)委托代理協(xié)議書約定的代理事項、權限、期限開展工作。
代理完成階段是實質性的代理業(yè)務結束，此階段的工作主要是整理代理業(yè)務工作底稿，編制有關表格，并將有關資料存檔備查。
納稅人、扣繳義務人可以根據(jù)需要委托稅務代理人進行代理、單項代理或臨時代理、常年代理。
稅務代理是一項社會性中介事務，稅務代理必須遵守以下三項基本原則：
1.依法代理原則
法律、法規(guī)是任何活動都要遵守的行為準則，開展稅務代理首先必須維護國家稅收法律、法規(guī)的尊嚴，在稅務代理的過程中應嚴格按照法律、法規(guī)的有關規(guī)定履行職責，不能超越代理范圍和代理權限。只有這樣才能既保證國家的稅收利益，維護稅收法律、法規(guī)的嚴肅性，又保護納稅人的合法權益，同時使其代理成果被稅務機關所認可。因此，依法代理是稅務代理業(yè)生存和發(fā)展的基本前提。
2.自愿有償原則
稅務代理屬于委托代理，稅務代理關系的產(chǎn)生必須以委托與受托雙方自愿為前提。納稅人、扣繳義務人有委托和不委托的選擇權，也有選擇委托人的自主權。如果納稅人、扣繳義務人沒有自愿委托他人代理稅務事宜，任何單位和個人都不能強令代理。代理人作為受托方，也有選擇納稅人、扣繳義務人的權利。可見，稅務代理當事人雙方之間是一種雙向選擇形成的合同關系，理應遵守合同中的自愿、平等、誠實信用等原則。稅務代理不僅一種社會中介服務，而且是一種專業(yè)知識服務，因而稅務代理人在執(zhí)行稅務代理業(yè)務時也應得到相應的報酬，這種報酬應依照國家規(guī)定的中介服務收費標準確定。
3.客觀公正原則
稅務代理是一種社會中介服務，稅務代理人介于納稅人、扣繳義務人和稅務機關之間，既要維護納稅人、扣繳義務人的合法權益，又要維護國家的稅收利益。因此，稅務代理必須堅持客觀公正原則，以服務為宗旨，正確處理征納矛盾，協(xié)調征納關系。在稅務代理過程中，既要對被代理人負責，又要對國家負責，代理行為既要符合國家法律、法規(guī)的規(guī)定，又要符合被代理人的意愿，而不能偏向任何一方。
稅務代理的相關法律關系主要是指納稅人，扣繳義務人委托代理記賬稅務師辦理納稅事宜，從而產(chǎn)生一定的委托方以及受托方之間所存在的權利、義務以及責任關系。
代理記賬稅務師根據(jù)委托方的名義進行相關的代理工作，在相應的代理過程中所產(chǎn)生的法律后果都應當直接歸屬委托方，稅務代理的相關法律關系的確定主要是根據(jù)委托代理協(xié)議書的簽訂作為標志的。
稅務代理的法律責任一般被分為委托方的法律責任以及受委托方的法律責任。
委托方的主要法律責任是納稅人除了應當根據(jù)規(guī)定來承擔本身應當承擔的稅收法律責任以外，，還應當依照規(guī)定向受委托方支付一定金額的違約金以及賠償金。
受委托方的相關法律責任，代理人不履行職責而且還給被代理人帶來損害的應當及時承擔相應的民事責任。稅務代理如果因為工作的失誤或者沒有按時完成稅務代理事務等未能履行稅務代理職責，給委托方造成了不必要的損失，這些都應當由受委托方來負責。代理人知道被委托代理的事項違法，仍進行代理活動的，以及被代理人知道代理人的代理行為違法的話，并沒有表示反對的話，由被代理人以及代理人負連帶責任，根據(jù)相關的固定，注冊稅務師以及被代理人如果存在相互勾結、偷稅抗稅、共同違法，應當根據(jù)共同違法論處，雙方都應當承擔法律責任，如果涉及刑事犯罪的話，還要移送相關的司法部門進行依法處理。
稅務代辦指代理人接受納稅主體的委托，在法定的代理范圍內依法代其辦理相關稅務事宜的行為。 稅務代理人在其權限內，以納稅人(含扣繳義務人)的名義代為辦理納稅申報，申辦、變更、注銷稅務登記證，申請減免稅，設置保管賬簿憑證，進行稅務行政復議和訴訟等納稅事項的服務活動。
