主要研究方向為兒童糖尿病領域，涵蓋兒童糖尿病流行病學研究、生存、代謝控制狀況及胰島素抵抗相關疾病范化研究。先天性高胰島素性/新生兒糖尿病臨床與遺傳學研究。性腺研究主要包括嬰幼兒乳房發育臨床監測、DSD病因學及Kallmann綜合征的基因學研究、小陰莖的、AAA綜合征的遺傳學研究、DSD患者體格發育研究、Silver Russule 綜合征遺傳學研究等。同時承擔研究生教學以及留學生英文教學。
鞏純秀學術兼職中華醫學會兒科內分泌遺傳代謝學組副組長，中華醫學會糖尿病學會委員，中華醫學會糖尿病學會1型糖尿病學組副組長，北京醫學會兒科分會內分泌遺傳代謝學組組長，中華醫學會糖尿病學分會北京分會委員，原亞太兒科內分泌學會理事會理事，中國醫師協會內分泌代謝學分會常委。中華兒科雜志編委,中華醫藥雜志常務編委，中華糖尿病雜志編委，中國糖尿病雜志編委，中國實用兒科雜志編委，中國小兒急救醫學編委，免疫分析與臨床雜志編委，柳葉刀糖尿病內分泌中文版編委。
兒童內分泌科檢查項目包括：血糖、血脂、甲狀腺功能五項、生長、性檢查、甲狀旁腺和嘌呤檢查以及電解質檢查等。不同的疾病，需要檢測的項目也有不同。具體檢查什么項目，需要內分泌科醫生根據臨床癥狀進行判斷。
多年來，為方便患者就醫，醫院始終堅持24小時接診。北京兒童醫院積極踐行公立醫院改革，推進預約掛號工作，優化服務流程，改善患者就醫體驗，受到國家衛生健康委的肯定和廣大群眾的認可。醫院還承擔了上級部門委派的重大兒童傳染病防治、抗震救災支援、突發公共衛生事件救治等醫療任務。
