北京兒童醫院技術力量雄厚。擁有重點學科兒科學，國家兒童腫瘤監測中心、國家呼吸系統疾病臨床醫學研究中心、國家中西醫協同旗艦醫院試點單位等12個平臺，8個國家臨床重點專科，5個北京市重點實驗室，2個北京市級研究平臺以及16個市級醫療中心。醫院設有疑難罕見病例會診中心和遠程會診中心，兒科疑難重癥疾病的診斷水平居國內地位，是中華醫學會兒科學分會、兒外科分會，中國醫師協會小兒外科醫師分會，中華護理學會兒科專業委員會主任委員單位。
北京兒童醫院積極發揮學科龍 頭作用，領航兒科行業發展。2013年牽頭組建北京兒童醫院集團，創新“病人不動、醫生移動”的模式服務全國患兒，目前理事單位成員已達57家。醫院與美國、俄羅斯、加拿大、意大利、澳大利亞、瑞典、德國、法國、日本、新加坡等國家的兒童醫療機構和科研院所建立了良好的關系和廣泛的合作，是科技部認定的兒童重大疾病國際科技合作基地。
年來，為方便患者就醫，北京兒童醫院始終堅持24小時接診。醫院積極踐行公立醫院改革，推進預約掛號工作，優化服務流程，改善患者就醫體驗，受到國家衛生健康委的肯定和廣大群眾的認可。醫院還承擔了上級部門委派的重大兒童傳染病防治、抗震救災支援、突發公共衛生事件救治等醫療任務。
內分泌科是醫院中一個專門內分泌科疾病的地方，主要負責糖尿病、肥胖癥、骨質疏松、痛風、脂質代謝紊亂以及甲狀腺、垂體、腎上腺、性腺、甲狀旁腺等疾病的臨床診治。
