北京兒童醫院積極發揮學科龍 頭作用，領航兒科行業發展。2013年牽頭組建北京兒童醫院集團，創新“病人不動、醫生移動”的模式服務全國患兒，目前理事單位成員已達57家。醫院與美國、俄羅斯、加拿大、意大利、澳大利亞、瑞典、德國、法國、日本、新加坡等國家的兒童醫療機構和科研院所建立了良好的關系和廣泛的合作，是科技部認定的兒童重大疾病國際科技合作基地。
年來，為方便患者就醫，北京兒童醫院始終堅持24小時接診。醫院積極踐行公立醫院改革，推進預約掛號工作，優化服務流程，改善患者就醫體驗，受到國家衛生健康委的肯定和廣大群眾的認可。醫院還承擔了上級部門委派的重大兒童傳染病防治、抗震救災支援、突發公共衛生事件救治等醫療任務。
北京兒童醫院先后獲得“全國文明單位”“首都文明單位標兵”“首都文明服務示范窗口”“專科醫院”“雙十佳人民滿意醫院”“北京三甲醫院”榮譽稱號及“首都勞動獎狀”“全國五一勞動獎狀”。
北京兒童醫院醫院內分泌科開設肥胖與減重門診，篩查導致肥胖的內分泌疾病(如垂體、腎上腺、甲狀腺疾病、下丘腦綜合征等)，評估營養狀況，進行營養代謝狀態分析，并對患者進行個體化減重指導，幫助患者達到并維持目標體重。
