北京兒童醫院共有在職職工3210人，其中醫生968人，護士1325人，醫技462人。正高級職稱292人，副高級職稱380人，中級職稱692人。醫院擁有中國現代兒科學奠基人諸福棠、中國兒童血液腫瘤學開創者胡亞美、中國小兒外科創始人之一張金哲等國內兒科界僅有的三位院士，以及突出貢獻專家、享受政府特殊津貼人員、新世紀百千萬人才工程人選、國家杰出青年科學基金獲得者等眾多高層次人才。
北京兒童醫院積極發揮學科龍 頭作用，領航兒科行業發展。2013年牽頭組建北京兒童醫院集團，創新“病人不動、醫生移動”的模式服務全國患兒，目前理事單位成員已達57家。醫院與美國、俄羅斯、加拿大、意大利、澳大利亞、瑞典、德國、法國、日本、新加坡等國家的兒童醫療機構和科研院所建立了良好的關系和廣泛的合作，是科技部認定的兒童重大疾病國際科技合作基地。
北京兒童醫院醫院內分泌科開設肥胖與減重門診，篩查導致肥胖的內分泌疾病(如垂體、腎上腺、甲狀腺疾病、下丘腦綜合征等)，評估營養狀況，進行營養代謝狀態分析，并對患者進行個體化減重指導，幫助患者達到并維持目標體重。
隨著我國人民生活水平的提高，家長對孩子身高的關注度越來越高。矮小的診斷標準：身高低于同地區、同種族、同性別、同年齡身材正常兒童身高平均值兩個標準差，或者身高低于該人群兒童身高的第3百分位。導致身材矮小的原因眾多，生長缺乏癥、家族性矮小、體制性青春期延遲、先天性卵巢發育不全、甲狀腺功能減低、性早熟所致的矮小、早產兒、小于胎齡兒、嚴重的佝僂病和骨骼發育畸形以及多種慢性疾病所致的矮小、特殊矮小綜合征等均可引起矮小。另外，特發性的矮小不僅與遺傳因素有關，也與不健康的生活方式密切相關。
