北京兒童醫院技術力量雄厚。擁有重點學科兒科學，國家兒童腫瘤監測中心、國家呼吸系統疾病臨床醫學研究中心、國家中西醫協同旗艦醫院試點單位等12個平臺，8個國家臨床重點專科，5個北京市重點實驗室，2個北京市級研究平臺以及16個市級醫療中心。醫院設有疑難罕見病例會診中心和遠程會診中心，兒科疑難重癥疾病的診斷水平居國內地位，是中華醫學會兒科學分會、兒外科分會，中國醫師協會小兒外科醫師分會，中華護理學會兒科專業委員會主任委員單位。
年來，為方便患者就醫，北京兒童醫院始終堅持24小時接診。醫院積極踐行公立醫院改革，推進預約掛號工作，優化服務流程，改善患者就醫體驗，受到國家衛生健康委的肯定和廣大群眾的認可。醫院還承擔了上級部門委派的重大兒童傳染病防治、抗震救災支援、突發公共衛生事件救治等醫療任務。
北京兒童醫院醫院內分泌科開設肥胖與減重門診，篩查導致肥胖的內分泌疾病(如垂體、腎上腺、甲狀腺疾病、下丘腦綜合征等)，評估營養狀況，進行營養代謝狀態分析，并對患者進行個體化減重指導，幫助患者達到并維持目標體重。
內分泌科是醫院中一個專門內分泌科疾病的地方，主要負責糖尿病、肥胖癥、骨質疏松、痛風、脂質代謝紊亂以及甲狀腺、垂體、腎上腺、性腺、甲狀旁腺等疾病的臨床診治。
