北京兒童醫院技術力量雄厚。擁有重點學科兒科學，國家兒童腫瘤監測中心、國家呼吸系統疾病臨床醫學研究中心、國家中西醫協同旗艦醫院試點單位等12個平臺，8個國家臨床重點專科，5個北京市重點實驗室，2個北京市級研究平臺以及16個市級醫療中心。醫院設有疑難罕見病例會診中心和遠程會診中心，兒科疑難重癥疾病的診斷水平居國內地位，是中華醫學會兒科學分會、兒外科分會，中國醫師協會小兒外科醫師分會，中華護理學會兒科專業委員會主任委員單位。
目前普遍存在的2個極端：生長速度的減慢常不引起患兒家長的察覺和重視，往往把矮小當作“晚長”，錯過了矮小的診斷時機。另一個極端是正常身高卻不滿足，或者有特殊職業要求，尋求方法改善身高。因此，我院在普通內分泌專科以外，特設矮小癥專科門診，以幫助解答和評估矮小是否存在。
內分泌科是醫院中一個專門內分泌科疾病的地方，主要負責糖尿病、肥胖癥、骨質疏松、痛風、脂質代謝紊亂以及甲狀腺、垂體、腎上腺、性腺、甲狀旁腺等疾病的臨床診治。
鞏純秀，中華醫學會兒科內分泌遺傳代謝學組副組長，中華醫學會糖尿病學會委員，中華醫學會糖尿病學會1型糖尿病學組副組長，北京醫學會兒科分會內分泌遺傳代謝學組組長，中華醫學會糖尿病學分會北京分會委員，原亞太兒科內分泌學會理事會理事，中國醫師協會內分泌代謝學分會常委。中華兒科雜志編委,中華醫藥雜志常務編委，中華糖尿病雜志編委，中國糖尿病雜志編委，中國實用兒科雜志編委，中國小兒急救醫學編委，免疫分析與臨床雜志編委，柳葉刀糖尿病內分泌中文版編委。
