醫(yī)院設有冠心病中心、心律失常中心、急重癥中心、心力衰竭中心、肺血管病中心、高血壓中心、臨床藥理中心、血脂異常與心血管病診治中心、內(nèi)分泌與心血管病診治中心、血栓性疾病診治中心、特需醫(yī)療中心、成人外科中心、血管外科中心、小兒外科中心、術后恢復中心、麻醉中心、體外循環(huán)中心、放射影像中心、超聲影像中心、核醫(yī)學影像中心、功能檢測中心、臨床檢驗中心等臨床和醫(yī)技科室。
影響深遠的國際交流
阜外醫(yī)院立足“國際”心血管病醫(yī)院建設，積極推進高水平、多層次國際合作。持續(xù)保持與加強同國際醫(yī)學機構合作，組織參加或開展多項國際多中心臨床研究。圍繞服務“一帶一路”戰(zhàn)略，與沿線多個國家心血管醫(yī)院簽署合作協(xié)議，開展境內(nèi)外發(fā)展中國家青年醫(yī)生培養(yǎng)教育活動，推動“一帶一路”沿線國家提高心血管病防治水平。積極擴大阜外品牌影響力，積極主辦和引進高水平國際學術會議，中國心臟大會、中國血管大會等，吸引和邀請國際學者參會并發(fā)布國際研究成果。
技術協(xié)作網(wǎng)絡與?？漆t(yī)聯(lián)體建設
阜外醫(yī)院完成中國心血管疾病防治領域近代發(fā)展史上影響力的工作，建立了心血管技術培訓網(wǎng)絡。1982年創(chuàng)建“全國心血管病臨床技術協(xié)作培訓中心”，1988年更名為“中國心血管技術協(xié)作培訓中心”。自2009年起，阜外醫(yī)院在全國科學布局，構建分級管理與培訓體系，推廣適宜有效的心血管疾病防治技術。通過推動全國技術協(xié)作網(wǎng)絡建設，協(xié)作單位已覆蓋全國282家醫(yī)院，帶動區(qū)域醫(yī)療服務能力提升。
阜外醫(yī)院陸續(xù)探索建立了涵蓋全國縣域?qū)用娴母哐獕骸⑿难艽x、心力衰竭、心肌病、肺動脈高壓、生活方式醫(yī)學、結構性心臟病、先心病8個專科聯(lián)盟，持續(xù)統(tǒng)籌調(diào)動內(nèi)外部資源，推進?？漆t(yī)聯(lián)體規(guī)范化建設，夯實資源輸出體系，為協(xié)作單位提供、可持續(xù)的幫扶，提升基層獲得感，推進各學科?？漆t(yī)聯(lián)體建設邁出實質(zhì)步伐。
加強心血管防治新體系建設
阜外醫(yī)院始終以“心血管病高危人群早期篩查與綜合干預項目”“國家基層高血壓管理防治管理項目”“三高（高血壓、高血糖、高脂血癥）共管項目”“中國居民心血管病及其危險因素監(jiān)測項目”四大國家項目為媒介，提升基層衛(wèi)生服務能力。
心血管病高危人群早期篩查與綜合干預項目自2014年啟動，十年間累計篩查社區(qū)居民超過524.7萬人次，檢出心血管病高危對象146.4萬人，并完成風險監(jiān)測干預隨訪465.7萬人次。
